Osmanlı devleti, kuruluşunda herhangi bir mezhebi kabul etmemiş bir devletti. Kuruluş döneminde, devlet kademelerinin birçok yerinde aleviler yer almıştı. Hatta, fethedilen topraklardan getirilen gayrimüslim çocuklardan oluşan yeniçeri ocağı da aleviliğin bir ocağı olan bektaşiliğe bağlıydı. Fakat devlet, imparatorluğa doğru gittikçe, devlet yönetimi açısından daha uygun olan sünni inancı, daha öncelikli hale gelmeye başladı.
Osmanlı'da alevilerin zulüm görmelerine kadar gidecek dışlanmalarını, çaldıran savaşı ve beraberinde getirdiği olaylar zinciri başlattı. Osmanlı padişahı olan Yavuz Sultan Selim, Şah İsmail ile ters düştü. Devlet yönetiminin giderek sünnileşmesinden şikayetçi olan alevi halk, Şah İsmail'in devletinin alevilik tabanlı bir Safevi devleti olması nedeniyle şah İsmail'e sempati duymaya başladı. Yavuz Sultan Selim'le Şah İsmail savaşmaya doğru adım adım giderken, aralarındaki mektuplaşma, olayın bir gönül meselesi olduğu izlenimini uyandırmıştır. Yavuz Sultan Selim ,iddiaya göre savaşa giderken, yüzyıllar sürecek bir katliamı başlatarak, Anadolu'da 40.000 aleviyi fetvayla astırdı. Bu yönde fetva almış olan halk ise, resmi kayıtlara geçmeyen katliamı başlattı. Bunun üzerine aleviler kendi içlerine döndüler ve sünni toplumla aralarındaki derin uçurum da açılmış oldu.